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Arrêts de travail plafonnés : ce que les employeurs doivent anticiper depuis septembre 2026

Depuis le 1er septembre 2026, de nouvelles règles encadrent la durée des prescriptions d’arrêts de travail pour maladie. La première prescription ne peut plus dépasser 31 jours et chaque prolongation est limitée à 62 jours, sauf dérogation justifiée par la situation médicale du patient.

Pour les employeurs, ce changement ne supprime pas les obligations liées à la gestion de l’absence du salarié. Il impose surtout une vigilance renforcée dans le suivi des arrêts maladie, des prolongations, du maintien de salaire, de l’organisation du service et de la reprise du travail.

L’arrêt maladie suspend l’exécution du contrat de travail, mais il ne rompt pas la relation de travail. L’employeur doit donc continuer à respecter les droits du salarié, tout en assurant la continuité de l’activité.

Ce qui change depuis le 1er septembre 2026 

Une durée maximale pour la première prescription

Depuis le 1er septembre 2026, un arrêt de travail initial prescrit pour maladie ne peut plus dépasser 31 jours. Cette règle concerne les arrêts de travail ouvrant droit au versement d’indemnités journalières.

Ce plafonnement est prévu par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, qui fixe les plafonds à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation. Le Code de la sécurité sociale précise que ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.

L’objectif est d’encadrer davantage la durée des arrêts maladie et d’organiser un suivi plus régulier de la situation du salarié.

Cette limitation ne signifie pas qu’un salarié ne pourra plus être absent au-delà de 31 jours. Si son état de santé le justifie, son arrêt pourra être prolongé dans les conditions prévues par les textes.

Des prolongations limitées à 62 jours

Chaque prolongation d’arrêt de travail est désormais limitée à 62 jours. Là encore, cela ne signifie pas qu’une absence longue devient impossible, mais que le renouvellement doit être encadré par de nouvelles prescriptions. Pour l’employeur, cette évolution peut entraîner un suivi plus fréquent des justificatifs transmis par le salarié. Les services RH ou administratifs doivent donc être attentifs aux dates de fin d’arrêt et aux éventuelles prolongations.

Une mauvaise gestion de ces échéances peut créer des erreurs en paie ou des incompréhensions dans l’organisation du travail.

Des exceptions possibles selon l’état de santé

Le plafonnement n’est pas absolu. Une durée plus longue peut être prescrite lorsque l’état de santé du patient le justifie, sous réserve que le professionnel de santé motive cette dérogation. L’employeur n’a pas à apprécier lui-même la légitimité médicale de l’arrêt. Il doit traiter le justificatif transmis selon les règles applicables, sans exercer de pression sur le salarié pour qu’il reprenne son poste avant la fin de son arrêt.

Quels arrêts sont concernés ?

Les arrêts de travail pour maladie

Le plafonnement concerne les arrêts de travail prescrits pour maladie, hors situations particulières comme les arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. Cette distinction est importante pour l’employeur, car les règles applicables peuvent varier selon l’origine de l’arrêt.

Un arrêt maladie classique, un arrêt lié à un accident du travail ou une absence en lien avec une maladie professionnelle ne produisent pas toujours les mêmes conséquences sur la paie, la protection du salarié ou les démarches à effectuer.

Une vigilance particulière en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle

Lorsque l’absence est liée à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, l’employeur doit être particulièrement vigilant. Ces situations peuvent entraîner des règles spécifiques en matière d’indemnisation, de protection contre la rupture du contrat, de reprise du travail ou d’inaptitude.

Dans ces cas, le sujet relève directement de la santé et sécurité au travail.

L’employeur doit donc analyser la nature exacte de l’absence avant de prendre une décision concernant l’organisation du poste, le remplacement temporaire ou la reprise du salarié.

Ce que ce plafonnement ne change pas pour l’employeur

Le salarié doit toujours justifier son absence

Le salarié en arrêt maladie doit transmettre les justificatifs nécessaires dans les délais applicables. Cette obligation reste essentielle pour permettre à l’employeur d’organiser l’absence, d’établir la paie et de suivre la situation administrative du salarié. En cas de prolongation, le salarié doit également informer l’employeur et lui transmettre le nouvel arrêt.

Le plafonnement modifie la durée maximale de certaines prescriptions, mais il ne dispense pas le salarié de respecter ses obligations d’information.

L’employeur doit respecter l’état de santé du salarié

L’employeur ne peut pas contraindre un salarié à reprendre son poste pendant un arrêt de travail régulièrement prescrit. Il ne peut pas non plus exercer de pression directe ou indirecte pour provoquer un retour anticipé. La durée plus courte des prescriptions initiales ne doit donc pas être interprétée comme un signal permettant d’intensifier les relances ou les demandes auprès du salarié.

La relation doit rester encadrée, respectueuse et limitée aux échanges nécessaires à la gestion administrative de l’absence.

La protection contre les discriminations demeure

L’état de santé du salarié ne peut pas justifier une décision défavorable, une sanction, une mise à l’écart ou une rupture du contrat. Un employeur qui prendrait une décision en raison de l’état de santé du salarié s’expose à un risque important de contestation.

Le plafonnement des arrêts de travail ne modifie donc pas les règles de protection du salarié malade.

Attention au licenciement pendant un arrêt maladie

Un salarié peut être licencié pendant un arrêt maladie, mais jamais en raison de son état de santé. L’employeur doit pouvoir justifier d’un motif objectif, étranger à la maladie, et respecter une procédure rigoureuse. En pratique, le licenciement pendant un arrêt maladie reste une situation sensible. Une décision mal préparée peut être contestée si le salarié estime que la rupture est liée à son état de santé ou à son absence.

Quelles conséquences pratiques pour l’entreprise ?

Mieux suivre les dates d’arrêt et de prolongation

Avec des prescriptions initiales limitées à 31 jours et des prolongations limitées à 62 jours, les employeurs devront suivre plus précisément les échéances. Cette organisation est importante pour éviter les erreurs de paie, les absences non justifiées par oubli administratif ou les difficultés dans la gestion des remplacements.

Les entreprises ont intérêt à mettre à jour leurs procédures internes afin d’identifier rapidement les arrêts en cours, les dates de fin et les prolongations attendues.

Anticiper l’organisation du service

Une absence maladie peut désorganiser une équipe, surtout dans une PME ou un service déjà sous tension. Le plafonnement peut conduire à des points de suivi plus fréquents, mais il ne permet pas de prévoir avec certitude la durée totale de l’absence. L’employeur doit donc éviter de construire son organisation uniquement sur la date de fin initiale de l’arrêt. Une prolongation reste possible si l’état de santé du salarié le nécessite.

Il est préférable d’anticiper plusieurs scénarios : reprise à la date prévue, prolongation de l’arrêt, reprise progressive ou visite médicale de reprise dans certains cas.

Sécuriser le maintien de salaire

L’arrêt maladie peut entraîner des conséquences sur le versement des indemnités journalières et sur le complément éventuellement dû par l’employeur. L’entreprise doit vérifier les conditions applicables, notamment au regard de l’ancienneté du salarié, de la convention collective, des délais de carence et des justificatifs transmis.

Une erreur dans le maintien de salaire peut rapidement générer une contestation, surtout lorsque l’arrêt se prolonge.

Reprise du travail : les points de vigilance

Ne pas confondre fin d’arrêt et reprise simple

La fin d’un arrêt de travail ne signifie pas toujours que la reprise se fera sans difficulté. Le salarié peut revenir fragilisé, demander un aménagement ou être concerné par une visite médicale de reprise selon la durée et la nature de l’arrêt. L’employeur doit donc aborder la reprise avec prudence, en tenant compte de l’état de santé du salarié et des éventuelles recommandations du médecin du travail.

Une reprise mal préparée peut favoriser une rechute, une nouvelle absence ou une dégradation des relations de travail.

Le rôle du médecin du travail

Le médecin du travail joue un rôle important lorsque la reprise nécessite une évaluation de l’aptitude du salarié ou des aménagements du poste. Selon les situations, une visite de reprise peut être obligatoire. Elle permet d’évaluer si le salarié peut reprendre son poste, si des adaptations sont nécessaires ou si une inaptitude doit être envisagée.

L’employeur ne doit pas se substituer au médecin du travail. Il doit respecter les avis rendus et adapter, si nécessaire, l’organisation du travail.

Attention aux pressions au retour

Un salarié qui revient d’un arrêt maladie ne doit pas subir de pression particulière en raison de son absence. Une surcharge immédiate, des reproches répétés ou une mise à l’écart peuvent créer un risque juridique. Lorsque la reprise s’accompagne de tensions, l’employeur doit réagir rapidement pour éviter une dégradation de la situation.

Dans certains cas, un contexte de pression, de remarques répétées ou de mise à l’écart au retour d’un arrêt peut contribuer à une situation de harcèlement moral au travail.

Quels risques en cas de mauvaise gestion ?

Un risque de contestation salariale

Une erreur dans le traitement de l’arrêt maladie peut avoir des conséquences sur la paie. Le salarié peut contester le montant versé, l’absence de maintien de salaire ou une retenue qu’il estime injustifiée. Ce type de désaccord peut rapidement créer une tension, notamment lorsque l’arrêt se prolonge ou lorsque le salarié rencontre déjà des difficultés de santé.

Un risque lié à la santé au travail

L’employeur reste tenu à une obligation de prévention en matière de santé et sécurité. Une reprise mal organisée, une absence d’aménagement ou une pression excessive peuvent fragiliser l’entreprise. Lorsque le salarié alerte sur son état de santé ou sur une difficulté de reprise, l’employeur doit prendre la situation au sérieux.

Ignorer ces alertes peut aggraver le risque de contentieux.

Un risque prud’homal

En cas de désaccord persistant, la situation peut évoluer vers un contentieux prud’homal. Le litige peut porter sur la rémunération, l’exécution du contrat, la reprise du travail, une sanction, une rupture du contrat ou un manquement à l’obligation de sécurité.

Pour limiter ce risque, l’employeur doit documenter ses décisions, respecter les justificatifs médicaux et éviter toute mesure pouvant être interprétée comme liée à l’état de santé du salarié.

Comment les employeurs peuvent-ils s’organiser ?

Les bons réflexes à adopter

Depuis l’entrée en vigueur du plafonnement, les entreprises ont intérêt à renforcer leurs procédures de suivi des arrêts maladie. Une organisation claire permet d’éviter les erreurs administratives et les tensions inutiles.

• suivre précisément les dates de début et de fin d’arrêt ;
• identifier rapidement les prolongations transmises ;
• vérifier les règles de maintien de salaire applicables ;
• anticiper les conséquences sur l’organisation du service ;
• préparer la reprise lorsque l’absence se prolonge ;
• solliciter le médecin du travail lorsque la situation le nécessite ;
• éviter toute pression sur le salarié malade ;
• conserver les justificatifs et échanges utiles.

Ces réflexes permettent à l’employeur de concilier continuité de l’activité et respect des droits du salarié. Le plafonnement des arrêts de travail doit donc être intégré dans une gestion plus globale des absences, de la prévention et de la reprise du travail.

Pourquoi consulter un avocat en droit du travail ?

Pour sécuriser la gestion des absences

Un avocat peut aider l’employeur à analyser les règles applicables aux arrêts maladie, au maintien de salaire, aux prolongations, à la reprise du travail et aux éventuelles mesures à prendre pendant l’absence. Cet accompagnement est particulièrement utile lorsque l’arrêt se prolonge, lorsque l’entreprise rencontre des difficultés d’organisation ou lorsqu’un salarié conteste le traitement de son absence.

Pour prévenir les litiges liés à la reprise

La reprise après un arrêt maladie peut être une période sensible. Elle peut poser des questions d’aménagement du poste, de santé au travail, de charge de travail ou de relations avec l’équipe. L’accompagnement juridique permet de sécuriser les décisions de l’employeur et d’éviter les erreurs susceptibles d’entraîner un contentieux.

Arrêts de travail plafonnés : ce qu’il faut retenir

Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts de travail pour maladie sont encadrés par de nouvelles durées maximales : 31 jours pour la première prescription et 62 jours pour chaque prolongation, sauf dérogation médicale justifiée. Pour l’employeur, cette évolution implique un meilleur suivi des absences, des prolongations, du maintien de salaire et de la reprise du travail. Elle ne remet pas en cause les droits du salarié malade ni l’obligation de préserver sa santé et sa sécurité. Une gestion rigoureuse permet d’éviter les erreurs de paie, les tensions au retour du salarié et les litiges liés à l’exécution du contrat de travail.

Vous êtes employeur et souhaitez sécuriser la gestion des arrêts maladie dans votre entreprise ? Le cabinet Villié Avocat vous accompagne en droit du travail à Paris pour anticiper les risques, organiser la reprise et prévenir les contentieux.